หลังจบจากโรงเรียนกอร์ดอนสตันในปีค.ศ. 1939 เจ้าชายฟิลิปในวัย 18 ชันษาเข้าศึกษาที่ราชนาวิกวิทยาลัยเป็นเวลาหนึ่งภาคเรียน แล้วจึงถูกส่งตัวกลับประเทศกรีซไปอยู่กับพระมารดาเป็นเวลาราวหนึ่งเดือนที่กรุงเอเธนส์ สมเด็จพระเจ้าจอร์จที่ 2 แห่งกรีซ สั่งให้เจ้าชายกลับอังกฤษ พระองค์จึงเสด็จกลับอังกฤษในเดือนกันยายนและเข้าเป็นนายเรือฝึกหัดในราชนาวีอังกฤษ[13] พระองค์จบการศึกษาจากราชนาวิกวิทยาลัยในปีถัดมา ขณะนั้น สงครามโลกครั้งที่สองกำลังขยายวงกว้างอย่างรวดเร็วในยุโรป แต่เจ้าชายก็เลือกรับราชการทหารในกองทัพสหราชอาณาจักรต่อไป ในขณะที่พี่เขยทั้งสองของพระองค์ นั่นคือเจ้าชายคริสโทฟแห่งเฮ็สเซิน และแบร์โทลด์ มาร์คกราฟแห่งบาเดิน เข้าร่วมรบอยู่ฝ่ายเยอรมัน[14] เจ้าชายฟิลิปได้เป็นว่าที่เรือตรีในเดือนมกราคม ค.ศ. 1940 ทรงปฏิบัติหน้าที่เป็นเวลาสี่เดือนบนเรือหลวงรามิลีย์ (HMS Ramillies) ในภารกิจคุ้มกันขบวนเรือขนส่งทหารออสเตรเลียที่ผ่านมหาสมุทรอินเดีย ไม่นานจากนั้นก็ไปปฏิบัติหน้าที่บนเรือหลวงเคนต์ (HMS Kent) และเรือหลวงชรอปเชอร์ (HMS Shropshire) ในบริติชซีลอน ต่อมาหลังกองทัพอีตาลีบุกยึดประเทศกรีซในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1940 พระองค์ถูกโอนตัวจากมหาสมุทรอินเดียมาปฏิบัติหน้าที่บนเรือหลวงวาแลนต์ (HMS Valiant) ในกองเรือเมดิเตอร์เรเนียน[15]